故事由10年前陈永仁与刘建明在警校大门外擦身而过开始。现在让前传解构过去预视未来。
1991年，倪氏家族当时稳坐香港的黑帮龙头位置，旗下有五大头目控制了不同的地区。但龙头倪坤突然被枪杀，掀起了惊心动魄的江湖斗争。当晚，四大头目看准倪家必定大乱，均欲伺机背叛发难，只有新晋的韩琛(曾志伟)一人仍忠于倪家，因他深信因果循环。重案组督察黄志诚(黄秋生)及陆启昌(胡军)亦紧密步署防范，三方一触即发，一场大屠杀似乎在所难免。
倪家第二代倪永孝(吴镇宇)是个毫不起眼的会计师，但城府极深，谁也想不到竟凭他一己之力，不费一兵一卒便牵制住四大头目，成为新任龙头。黄志诚对他起了戒心，派警校毕业生陈永仁(余文乐)渗入倪家进行长期的卧底计划。陆启昌得悉仁为倪永孝的同父异母兄弟，对好友的决定极力反对，但黄仍一意孤行。仁展开任务，遇上韩琛手下傻强(杜汶泽)，二人不打不相识。另一方面，韩琛为巩固势力，亦早已安排手下刘建明(陈冠希)考进警察部通风报讯。
三年后，陈永仁取得倪永孝的信任，在家族中任居要职。刘建明亦凭韩琛提供的情报在警队扶摇直上，对韩琛女友Mary(刘嘉玲)亦渐生情愫。倪永孝事业一帆风顺，社会地位日渐提高。野心勃勃的他决定将五大头目一举歼灭，令自己安枕无忧。一夜之间，曾经背叛家族的四大头目同时被杀，韩琛亦在泰国受袭下落不明。霎时全城一片腥风血雨，惊心动魄。
倪永孝查到其父当年被杀的证据，原来Mary为扶助韩琛上位，竟与警方的黄志诚串通策划暗杀倪父。刘建明得悉Mary有杀身之祸，及时将她救走。明趁机表白爱意，但不为Mary所接受，其后更亲眼目睹Mary被杀。另一方面，黄志诚亦成为倪永孝暗杀目标，但陆启昌却阴差阳错成为替死鬼。黄痛失好友，更被警队内部调查倪坤被杀一事，决意向倪永孝反击。
1997年，韩琛重出江湖。原来当年他在枪口下逃过大难，一直与傻强等人潜伏于泰国清迈。黄志诚找到琛，二人寻求合作。韩琛答应作为污点证人回港指证倪当年所犯罪行，令倪社会地位一夜崩溃，各方再度激烈交锋。陈永仁及刘建明亦因而被逼重拾卧底身份。
韩琛经泰国一役已性情大变，比倪永孝更不受控。黄志诚知大错已成，唯望未来可拘捕韩琛，亲手解除自己种下的祸根。陈永仁继续不见天日的卧底工作，更因而与多年女友May (傅嘉莉)闹翻，黯然分手；而刘建明则重新受控于韩琛，却遇上失恋闹事的少女Mary(赵颂茹)， 这个名字令他陷进回忆。此时正值香港回归，新时代经已来临，然而四人也在无间道中越行越远……
